引物匹配检查
Primer / Template Check
结合位点 · 逐碱基比对 · 3' 端错配 · 二聚体/发夹 · 扩增子
引物设计 →
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1. 模板与引物
输入模板 DNA 和已有的正向/反向引物（5'→3'）
模板 DNA 序列（FASTA 或纯序列）
未输入
正向引物 Forward (5'→3')
反向引物 Reverse (5'→3')
只需检查一条引物时，另一条可以留空。若引物 5' 端带酶切位点或同源臂， 系统会自动识别并只比对 3' 侧的核心序列。
允许错配数
预期产物长度 (bp，可选)
盐浓度使用默认值：一价盐 50 mM、Mg²⁺ 1.5 mM、dNTP 0.6 mM、引物 50 nM。
检查匹配情况
填入示例
直接查看示例结果
比对与热力学计算由 Primer3 完成，Tm 另用 Biopython 复核。
说明：
本工具只针对你提供的这条模板做匹配检查，不能替代基因组/转录组范围的 BLAST 特异性验证。
3' 末端（尤其最后 2–3 nt）的错配会显著降低延伸效率；5' 端错配通常影响较小。
发夹/二聚体 Tm 高于 45 °C 时已在结果中标红，建议调整引物或提高退火温度后重新评估。
check-v3 · 2026-10-29